公元1398年,大明开国皇帝朱元璋病逝,皇太孙朱允炆承继大统,改年号建文。建文帝登基之后,立刻与亲信大臣齐泰、黄子澄等人密谋削藩。周王、代王、齐王、湘王、岷王等先后或被废为庶人,或被诛杀,同时又以边防为名调离了燕王的精兵,准备削除燕王。
燕王朱棣本就不服这个乳臭未干的小皇帝,在他的心中早也已经有了称帝之念。这时,作为幕僚的姚广孝给朱棣献策,建议以“清君侧”的名义,举“靖难”的旗号,率领八百府兵发动了历史上著名的“靖难之役”,一路势如破竹直到占领了南京。
建文帝见大势已去,只好在皇宫中布下疑阵,借放火自焚趁乱逃出宫廷流落民间,隐迹深山古寺削发出家。他本想卧薪尝胆等待时机,竖皇旗起义抢回本属于自己的皇位。可没想到,这位四叔做起皇帝来却头头是道,将整个大明江山管理得井井有条,百姓安居乐业,四海升平。朱允炆遁入空门日久,心怀慈悲为怀之念已深,他不愿看到大明百姓再受战乱之苦,最后决定放弃夺帝念头,从此隐居深山老林终其一生。
靖难之役胜利后,朱棣革除建文年号,继续使用“洪武”纪年,同时下令尽复建文朝所改的一切成法和官制。次年1403年改元永乐,登极皇帝位。
朱棣即位之后,武功昌盛,先是出击安南,后又亲自五入漠北攻打蒙古以绝后患。在文治上,则下令编写《永乐大典》,三年即成。永乐三年(1405年),朱棣派遣宦官郑和为正使,王景弘为副使,率水手、官兵两万七千八百余人,乘“宝船”六十二艘,远航西洋。明朝舰队先后到达占城(今越南南部)、马来西亚的马六甲、印度尼西亚的爪哇、苏门答腊及锡兰等地,经印度西岸折回返国。
当时的明朝在政治、经济、文化、军事上,处于世界领先地位,因此吸引了众多海外国家,出现了各国争相来朝的盛况。1405年,由于贡使日多,朱棣下令解除部分海禁政策,重新设置市舶司。于是,在福建、浙江、广东分设来远、安远、怀远三市舶司,负责接待各国来使,而于京师设会同馆以待国宾。为了与各国来人交流,同时还设置了四夷馆,专掌翻译各国及少数民族语言文字。
以后又于永乐五年至三十一年的二十多年间,先后七次出海远航,经过三十多个国家,最远曾达非洲东岸、红海和伊斯兰教圣地麦加。这就是伟大的郑和下西洋。
永乐五年,朱棣下诏在北京修建宫殿。永乐七年朱棣御驾巡幸北京,在北京设立六部与都察院,并在北京为逝世的徐皇后设立陵寝。经过十几年的经营,北京初步得到了繁荣,并于永乐十九年正式迁都。
1424年朱棣驾崩,由大儿子朱高炽继位,史称仁宗皇帝。朱高炽即位后,改年号洪熙,开始了一系列改革,这些改革都与朱棣在位时的政策手段背道而驰。首先,朱高炽赦免了建文帝旧臣和永乐时遭连坐流放边境的官员家属,并允许他们返回原处,并恢复一些大臣的官爵。其次,遵循明太祖朱元璋在位时“片板不得入海”的旨意,不仅禁止民间私自出海,同时也禁止官船出使东西洋。
本来有所放宽的海禁政策再次被明廷严行禁止,以海为生的沿海居民不得不选择“走私”的形式冒险出海。当时的月港地处九龙江下游的江海会合之处,其港道由龙溪县城八、九都地的月溪之滨起始,沿南港顺流往东,经过海门岛航至九龙江口的圭屿,然后再经嘉禾屿(今厦门)即可出外海。再加上月港僻处海隅,俗如化外,朝廷鞭策莫及,官府管制松懈,这样的地利之便成为了沿海居民进行“走私”的首选海港。
1425年,在位仅一年的朱高炽病故,传位给朱瞻,史称明宣宗,改年号宣德。明宣宗在位的十年间至明英宗幼年即位,朝中有杨溥、杨士奇、杨荣主持政局,史称“三杨”。当时可谓是“海内清平,万邦来朝”。1442年后,宦官王振开始擅权,1449年发生震惊天下的土木堡之变。明英宗的弟弟景泰帝果断任用于谦击败瓦剌,取得北京保卫战的胜利。后又经历景泰、天顺两朝的经营恢复,国力有所回升,到明朝中叶孝宗时期再次大治,此时政治清明,民生安康,对外复立哈密等卫,历史上称为“弘治中兴”。
期间,随着海外贸易的不断繁荣,月港已然成为了民间“私通”海外、“私贩”番货的贸易商港而被明朝政府所重视。到正德年间,明王朝再次出现了中衰迹象,直到嘉靖初期时,朱厚熜重新推行新政,政治及国力才一度有所恢复。但因嘉靖末年,君臣矛盾突出,社会各种矛盾萌发,沿海倭患频频发生……
嘉靖九年(1530年),巡抚都御使胡琏议移巡海道驻漳州府,在月港对岸的海沧(今厦门市海沧区)设立海防机构——安边馆,每年委任通判一员驻守,以镇压走私活动。
嘉靖二十六年,佛郎机番船泊于浯屿水寨,巡海道柯乔、知府卢璧、龙溪知县林松发兵攻船,不克。时漳州、泉州辄往月港贸易,官军通贩愈甚。总督闽浙都御史朱纨厉行海禁,捕获私自出海通贩商人九十余人,由巡海道柯乔、都司卢镗就地问斩。由此,佛郎机番船才不得以驶离福建沿海。
嘉靖二十七年(1548年),巡海道柯乔奏议设县治于月港。但由于月港海岸曲折蜿蜒,港汊交错一时未受倭患波及,致使设县计划搁置。
嘉靖二十八年,有倭寇驾船扬航直抵月港安边馆,壮士陈孔志授檄往援,乘巨舰首当其冲,横舰于海面阻击,最后被倭船火炮击中。倭寇也因此调转船头逃遁而去,月港倭患自此开始。
嘉靖三十年(1551年),柯乔先在月港搭盖巡海机构,取名“靖海馆”。靖海馆与安边馆隔江相望,同属一位通判管治,这位通判则需往来于九龙江上,行走两地进行治理。